SMA Negeri 2 Jombang dibangun pertama kali sebagai sekolah swasta dengan nama SMA Pendowo pada tahun 1959, sesuai dengan pendirinya yang berjumlah 5 orang, diantara lain : Bupati Jombang, Kepala Daerah, Kepala Sekolah SMP Negeri Jombang, Ketua PGRI Jombang, dan Pengawas SMA se-Jawa Timur. Didasari oleh keinginan untuk membangun Sekolah Negeri pertama di Jombang. Kemudian, setelah usulan diajukan, Menteri Pendidikan, Pengajaran dan Kebudayaan menurunkan SK Nomor 328/SK/B/III pada 16 Juli 1960. Setelahnya, pada tanggal 1 Agustus 1960, SMA Pendowo ini berubah nama menjadi SMA Negeri Jombang dan berubah statusnya dari sekolah swasta menjadi sekolah negeri. Pada tahun 1973, SMA Negeri Jombang ditutup, dan pemerintah Jombang mulai membangun gedung sekolah baru untuk SMPP (Sekolah Menengah Pembangunan Persiapan), kemudian diresmikan oleh Wakil Presiden Sri Sultan Hamengkubuwono IX pada tanggal 19 Desember 1973.Berdasarkan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 0353/0/1985 tentang Perubahan Nama SMPP menjadi SMA dikeluarkan pada tanggal 9 Agustus 1985, nama SMPP Jombang diubah menjadi SMA Negeri 2 Jombang, terhitung sejak tanggal 23 November 1985. Namun, sempat berubah nama pada tahun 1997, menjadi SMU Negeri 2 Jombang sebelum kembali pada nama awalnya, yaitu, SMA Negeri 2 Jombang.